zijne terugkomst te Leiden verwierf hij daar in het laatst van 1593 den graad van doctor in de wijsbegeerte door de verdediging van zijn proefschrift: Dissertatio de rationalis animae facultate (Lugd. Bat. 1593). Opnieuw Neder and verlatend, hield hij geruimen tijd verblijf op het eiland Hven bij Kopenhagen, bij den beroemden sterrekundige Tycho Brahé, wien hij tot medehulp schijnt gediend te hebben. Het jaar 1596 bracht hij grootendeels in Engeland door, waar hij Canterbury, Oxford en Cambridge bezocht. Hij gaf 't volg. jaar in het licht: Aur. Theod. Macrobii Opera (Lugd. Bat. 1597; tweede uitgave met aanteekeningen van Janus Secundus en Meursius, Lugd. Bat. 1628) en eene uitgave van Plautus (Lugd. Bat. 1597, 1628, Amst. 1620-1630). Te Rostock verscheen in 1599 van hem eene reeks aanteekeningen op Plautus, Apuleius en de twee Seneca's, getiteld: Analectorum libri tres. In het volgend jaar bevond hij zich te Draxholm in Denemarken en ondernam hij vervolgens nogmaals eene uitgebreide reis, geheel of gedeeltelijk als begeleider van drie jonge aanzienlijke Denen, familieleden van Tycho Brahé. Heidelberg en Basel werden het eerst bezocht; in laatstgenoemde plaats verwierf hij den graad van doctor in de medicijnen op zijne aldaar gedrukte: Theses de affectu Hypochondriaco (1600). Daarna kwamen aan de beurt Zürich, Genève en een groot aantal fransche steden, zooals blijkt uit zijne uitgave: Itinerarium Galliae Narbonensis cum universae Galliae descriptione et glossario prisco Gallico (Lugd. Bat. 1606).
In 1606 werd Pontanus benoemd tot hoogleeraar in physica en mathesis aan de kwartierlijke veluwsche school te Harderwijk. Tot het eind van zijn leven is hij hier werkzaam geweest; eene benoeming tot hoogleeraar in de geschiedenis en de grieksche taal te Groningen, hem in 1626 aangeboden, sloeg hij af, zeker mede wegens zijne ondernomen werk over de geldersche geschiedenis. Op 6 Juni 1606 huwde hij te Amsterdam met Anneken van (den) Heede, Heerde of Herde uit Antwerpen. Uit dit huwelijk werden geboren een zoon, die in 1629 aan de pest stierf en eene dochter Anna, die op 13 Februari 1633 huwde met Antonius Matthaeus, hoogleeraar te Harderwijk, later te Utrecht. Van hun 9 kinderen was de oudste zoon Antonius hoogleeraar te Utrecht en te Leiden. Nog worden twee andere dochters van Pontanus genoemd, Helena, die op 25 Sept. 1639 huwde met Christophorus Matthaeus, conrector aan de hoogeschool te Harderwijk, en Susanna, op 10 Augustus 1641 gehuwd met Cornelius van der Linden, predikant te Bunnik.
Gedurende zijn werkzaamheid te Harderwijk gaf Pontanus werken van verschillende latijnsche schrijvers uit, meestal met aanteekeningen zooals Martialis, Petronius, Seneca Tragicus, Fiorus, Curtius, Tacitus en Valerius Maximus. Verder verscheen een bundel latijnsche gedichten, waarmede hij minder eer inlegde, eene bewerking van een geschrift van Robert Hues over de hemel- en aardglobe: Observationes in Tractatum de globis, caelisti et terrestri auctore Rob. Huesio, Anglo (Amst. 1617, 1624, Oxford 1663) en andere kleinere uitgaven. Een geschrift van Petrus Cluverius over de Rijnmonden en de oudste bewoners aan hun oevers gaf Pontanus aanleiding tot een paar strijdschriften: Disceptationes chorographicae de Rheni divortiis atque ostiis eorumque accolis adversus Phil. Cluverium (Amst. 1614) en Dispu-