was, tot hij den 1en November 1736 tot proponent onder de classis Walcheren werd bevorderd. Borselen was zijn eerste gemeente, alwaar hij den 8en September 1737 intrede deed en bleef tot 12 Maart 1741, toen hij naar Ter Neuzen vertrok (beroepen 9 December 1740, intrede 19 Maart 1741), na in 1739 voor Ritthem en in 1740 voor Wolphaartsdijk bedankt te hebben. Den 10en November 1744 ontving hij een beroep naar Bergen op Zoom, werd daar op 16 Mei 1745 bevestigd, maar verliet die gemeente reeds binnen het jaar: den 7en November 1745 had Vlissingen een beroep op hem uitgebracht, den 13en Maart 1746 deed hij daar, na één week te voren van Bergen op Zoom afscheid te hebben genomen, zijn intrede met een preek, uitgegeven onder den titel: Vorst Messias' vrede beschikkinge aan de Gelovige Kerk, en door seven helden en acht vorsten uyt de menschen, haar verlossende van het geweld van Assur of Intre-reden te Vlissingen over Micha V:4, 5 (Middelb. 1746). Daarin vergelijkt hij de in den tekst genoemde zeven herders met Vlissingen's zeven predikanten, op grond waarvan Sepp hem een Coccejaan noemt; evenwel te onrechte, daar zijn tijdgenooten erkennen, dat hij de Voetiaansche richting was toegedaan. Een uittreksel van deze preek is opgenomen in de Kansel-Ontluistering in de Ned. Herv. kerk, blz. 111-114.
Reeds beroemd om zijn geleerdheid en zijn bekwaamheid in het geven van godsdienstonderwijs, werd hij ongeveer één jaar later, 3 Maart 1747, tot hoogleeraar in de godgeleerdheid aan de Franeker Hoogeschool benoemd; hij aanvaardde dat ambt in Augustus d.a.v. Nog ontving hij den 20en Maart 1748 een beroep naar Rotterdam, maar wees dit van de hand. Op 3 April 1748 volgde zijn bevordering tot doctor philosophiae en den 1en Mei 1749 hield hij zijn plechtige inaugureele rede als hoogleeraar De praesentibus theologici fundi calamitatibus (Fran. 1749); tevens was hij met lof als academie-prediker werkzaam.
In dien tijd gaf Gillissen in 't licht: Disputationes duae de S.S. Euangeliis ad Apocryphos quosdam libros non accommodatis (Fran. 1754), waarin hij het gevoelen van Mill en Grabe tegensprak, dat de Synoptische evangeliën ter bestrijding en verbetering van apocryphe opstellen als het Ev. sec. Hebr. en andere, geschreven zijn. Hij beweerde, dat laatstbedoelde de vruchten zijn van misvorming der in de Synoptische evangeliën bewaarde historische stof. Ook leverde hij den 24en September 1760 een Oratio in obitum E.L. Vriemoetii (Fran. 1760), waaruit zijn richting is op te maken. Op die oratie maakte W. Heshusius, predikant te Hindeloopen, een Latijnsch gedicht, opgenomen in de Boekzaal (Jaarg. 1760b, blz. 486, 487).
In 1765 tot Hoogleeraar te Leiden benoemd, eindigde hij den 19en Mei van dat jaar zijn dienst als academie-prediker te Franeker en hield den 17en Juni d.a.v. zijn inaugureele rede te Leiden, die tot titel droeg: De veterum haereticorum injusta defensione (Lugd. Bat. 1765). Ook hier maakte Gillissen zich algemeen geacht en bemind. Prof. Te Water noemt hem ‘magnum et doctrinae accuratae parataeque et severae sanctitatis exemplum’, terwijl Scharp zijn leermeester eert als ‘den in alle vakken uitmuntenden Gillissen.’ Toen hij op 8 Februari 1769 (niet: 1766, zooals V.d. Aa e.a. vermelden) het rectoraat nederlegde, hield hij een redevoering, die uitgegeven is als Oratio de fabulis ecclesiasticis, temere arreptis ad infirmandam Euangelii veritatem (1769). Bij besluit van curatoren dd. 7 November 1789 werd hem eervol emeritaat verleend, waarvan hij nog meer dan tien jaren genoot. Na een langzaam verval van krachten overleed hij den 13en Juni 1800.