‘ene plegtige redevoering: ‘de Christo capite et diversis ejus membris unum corpus constituentibus, ter inwijding tot de extraordinaire professie in de h. godtgeleerdtheit’
Op Maandag den 22sten Juli 1743 werd hij, tegelijk met zijn ambtgenoot Franciscus Burmannus, ter vervanging van den hoogleeraar van Alphen, beroepen tot gewoon professor en ‘tot een halve beurt als predikant, op een jaarwedde van f 1800’. Zijn oratio inauguralis hield hij den 16den September. Uit het Latijn overgezet in onze taal door F.C.W. van Oosterzee, zag ze het licht te Utrecht onder den titel: Redevoering over de voortreffelykheit der volwassenen, die in het woordt der gerechtigheit door hunne hebbelykheit geoeffende zinnen verkregen hebben, boven de zwakheit der kinderen, die met de melk der grondt-lere gevoedt worden. Den 27sten Maart 1745 benoemd tot opvolger in het rectoraat van J. Horthemels, lei hij den 28sten Maart 1746 die betrekking neder, met het uitspreken eener rede: de sponsalibus Christum inter et ecclesiam, nullis unquam malis dirimendis (Van het huwelijk, tusschen Christus en de kerk, door gene ongevallen ooit te verbreken), de waardigheid overdragende aan zijn ambtgenoot, Fr. Burmannus. Opnieuw rector van Maart 1761 tot den 29sten Maart 1762, hield hij op laatstgenoemden datum een oratio: de conjunctione tuta atque felici, quae gentibus feris et noxiis intercedet cum grege Dei, sub vexillo Jesu Christi (Redevoering, van de zekere en gelukkige vereeniging, welke de wilde en schadelijke heidensche volken, ondergaan zullen met Gods kudde onder de baniere van Jezus Christus). Nog in hetzelfde jaar zag ze gedrukt het licht te Utrecht.
Elsner stierf te Jutphaas in den nacht van den 6den op den 7den Juni 1775. Uit gezegd dorp, waar hij ‘zyne zomer ruste plagt te nemen, werd het lijk naar Utrecht overgebracht en daar in stilte, in zijnen grafkelder bijgezet.’ Noch lijkoratie, noch lijkpredikatie werd gehouden. De schrijver van zijn korte levensbeschrijving (Boekzaal 1775a, blz. 221-224) getuigt van hem: ‘Ofschoon zyn Hoog Eerw. in zyn leven wars geweest is van alle loftuitingen, is men nogthans aan 's grooten mans nagedagtenisse verschuldigd te melden, dat hy van een sterke en gezonde lichaamsgesteldheid zynde, met eenen onvermoeiden yver en vlyt heeft gewerkt, tot de laatste dagen zyns levens. Zyn geest was insgelyks met voortreffelyke gaven versierd, in vlugheid van gedagten, van een doordringend verstand, sterk geheugen, schrander oordeel; daar by was hy van een lieftallig bestaan en van een honigvloeyende welsprekenheid.
De kragt van de goddelyke genade, die in hem heerschte, maakte hem tot een nuttig en gezegend werktuig, voor Kerk en Hooge school. Zyn grootste vermaak was, zyne gemeente, groot en klein, alsmede de studeerende jeugd te onderwyzen en tot de waare deugd op te leiden. Met een verwonderingswaardige arbeidzaamheid, zag men hem in zyne meenigvuldige ampts-bedieningen lustig en rustig verkeeren, en daar in stond hy aan een ieder, met eene zeldzame vriendelykheid ten dienste.
Als een andere Apollo was hy magtig in de Schriften, als een brandende Seraph, vuurig in het werk van zynen Heere, dat hy met eene voorbeeldige Godsvrugt, binnen en buitens huis, by alle gelegenheden, bevestigde. Daardoor was hy by groot en klein geliefd en geëerd; een schrik voor zondaren, de blydschap van de Hooge school, de lust van de studeerende jongelingschap, en eene hoogagting